Sinds 1993 maakt de Zeehondencrèche een paar keer per jaar een observatievlucht die zigzag over zandbanken voert, om de zeehondenpopulatie in kaart te brengen. Een speciaal team van de crèche heeft een vergunning om op 150 meter hoogte boven de Waddenzee te vliegen, met uitzondering van beschermde gebieden. Niet alleen het aantal zeehonden wordt geteld, ook de samenstelling van de populatie wordt vastgesteld evenals de soort en de leeftijd van de dieren.
In 2002 overleed de helft van het aantal zeehonden in de Nederlandse Waddenzee aan de gevolgen van een virus. Sindsdien is de populatie door natuurlijk herstel weer gegroeid tot het aantal van voor de uitbraak van het virus.
